El impacto más divulgado del efecto de El Niño sobre el clima en Chile es la tendencia a que las lluvias invernales y la acumulación de nieve en la cordillera sean anormalmente abundantes en la región comprendida entre La Serena (30°S) y Curicó (35°S). Más hacia el sur, este efecto se presenta con una intensidad menor, e incluso estudios recientes realizados en el Departamento de Geofísica de la Universidad de Chile muestran que en la X Región los veranos tienden a ser mas secos que lo normal cuando prevalece una condición de El Niño en el Pacífico.

Los eventos El Niño también se advierten en la temperatura del aire, particularmente en el borde costero de la zona norte del país donde la presencia de aguas anormalmente cálidas favorecen un aumento en la temperatura del aire. Como un dato curioso, es interesante indicar que el efecto de este fenómeno se extiende también a las condiciones térmicas en lugares alejados de la costa. Específicamente, la variabilidad de un año al siguiente de la temperatura máxima diaria en la estación de Calama (localizada al interior de Antofagasta y a unos 2500 m sobre el nivel del mar) sigue bastante bien las fluctuaciones interanuales de la temperatura del mar en el Pacífico ecuatorial central.

Más hacia el sur también se han detectado impactos significativos del fenómeno El Niño sobre la condiciones térmicas en el valle central, existiendo una tendencia a que las temperatura mínimas diarias durante el invierno y la primavera sean anormalmente altas durante la ocurrencia de un evento de esta naturaleza. En términos generales, y tal como sucede en todo el mundo, los efectos climáticos del fenómeno La Niña en Chile son opuestos a los descritos para el fenómeno El Niño, siendo el más notorio la tendencia a la ocurrencia de déficit pluviométricos en Chile central durante el invierno. De todos modos, se debe destacar el hecho que ambos fenómenos (El Niño y La Niña) explican las condiciónes pluviométricas anómalas en algunos años, ya que tal como se muestra en la figura, los escenarios pluviométricos son extremadamente variables cuando las condiciones térmicas en el Pacífico ecuatorial son cercanas a una condición normal.