Desde tiempos muy antiguos los pescadores del norte del Perú observaron la existencia de una corriente marina cálida en dirección hacia el sur, que típicamente aparece cerca de la Navidad. De ahí el nombre El Niño (el Niño Jesús) para denominarla. También observaron que cada cierto tiempo esta corriente era más intensa, más cálida y se presentaba acompañada por graves alteraciones climáticas que se traducían en la ocurrencia de intensas precipitaciones en una región de características áridas.

A los graves trastornos provocados por la inundaciones se suman profundos cambios en el ecosistema marino. Las aguas anormalmente cálidas son pobres en nutrientes y los peces deben migran buscando aguas más frías. Una gran cantidad de ellos mueren, produciendo un colapso de la actividad pesquera. Se produce además una fuerte mortandad de los pájaros (aves guaneras) que se alimentan de los peces y los que sobreviven se desplazan hacia el sur en busca de alimento. Por mucho tiempo el término El Niño fue conocido en relación a estas condiciones extremas de la corriente El Niño en el norte de Perú.

Sin embargo, desde mediados de los años 1960, y como resultado de un mejor conocimiento del comportamiento del océano y la atmósfera en el Pacífico ecuatorial, se pudo verificar que estas alteraciones oceánicas y atmosféricas a lo largo de la costa son parte de un fenómeno de una escala global, que ocurre durante la fase negativa de la Oscilación del Sur, y que fue denominado como fenómeno El Niño.